El Instituto mantiene redes de colaboración entre académicos de universidades y centros de investigación del país y trabaja en estrecha alianza con universidades, fundaciones, municipalidades, servicios locales de educación, gobierno y otros actores del sistema educacional. Estos vínculos se realizan a través del Instituto y de su Centro de Investigación Avanzada en Educación (CIAE).
Alianzas Nacionales
- Universidad de O'Higgins
- Pontificia Universidad Católica de Valparaíso
- Universidad de Concepción
- Universidad de La Frontera
- Universidad de Magallanes
- Universidad de Talca
- Universidad de Atacama
- Universidad Católica de Temuco
- Universidad Austral
- Universidad Arturo Prat
- Pontificia Universidad Católica de Chile
- Universidad Alberto Hurtado
- Universidad Diego Portales
- Universidad Cardenal Silva Henríquez
- Universidad Adolfo Ibáñez
- Universidad Metropolitana de Ciencias de la Educación
- Universidad Tecnológica de Chile, Inacap
- Centro de Modelamiento Matemático, U. de Chile
- Centro de Estudios de Desarrollo y Estimulación Psicosocial (CEDEP)
- Centro de Liderazgo para la Mejora Escolar, Pontificia U. Católica de Valparaíso
- Centro de Estudios de Políticas y Prácticas en Educación, Pontificia U. Católica de Chile
- Centro de Estudios Avanzados sobre Justicia Educacional, Pontificia U. Católica de Chile
- Centro de Investigación para la Educación Inclusiva, Pontificia U. Católica de Valparaíso
- Municipalidad de Arica
- Municipalidad de Iquique
- Municipalidad de Antofagasta
- Municipalidad de Mejillones
- Municipalidad de Copiapó
- Municipalidad de La Serena
- Municipalidad de San Pedro de Atacama
- Municipalidad de Rengo
- Municipalidad de Chépica
- Municipalidad de Coinco
- Municipalidad de Coltauco
- Municipalidad de Doñihue
- Municipalidad de Litueche
- Municipalidad de San Vicente de Tagua-Tagua
- Municipalidad de Santa Cruz
- Municipalidad de Licantén
- Municipalidad de Requinoa
- Municipalidad de La Ligua
- Municipalidad de Quillota
- Municipalidad de Villa Alemana
- Municipalidad de Valparaíso
- Municipalidad de Cabildo
- Municipalidad de Recoleta
- Municipalidad de Quinta Normal
- Municipalidad de Santiago
- Municipalidad de Providencia
- Municipalidad de Cerrillos
- Municipalidad de Pudahuel
- Municipalidad de Puente Alto
- Municipalidad de Lo Barnechea
- Municipalidad de Lo Prado
- Municipalidad de Peñalolén
- Municipalidad de San Pedro de la Paz
- Municipalidad de Victoria
- Municipalidad de Concepción
- Municipalidad de Carahue
- Municipalidad de Temuco
- Municipalidad de Villarrica
- Municipalidad de Puerto Montt
- Municipalidad de Valdivia
- Municipalidad de Frutillar
- Municipalidad de Coyhaique
- Municipalidad de Punta Arenas
- Municipalidad de Porvenir
- Fundación Educacional Arauco
- Fundación Oportunidad
- Fundación Chile
- Fundación Educacional Elige Educar
- Fundación Minera Escondida
- Fundación Educacional Collahuasi
- Fundación Educacional Cerro Colorado
- Corporación SIP Red de Colegios
- Fundación Astoreca
- Fundación Irarrázabal